Asa cum se poate vedea si in pliantele distribuite, muzeul a luat fiinta la 3 noiembrie 1834, la initiativa fratelui domnitorului Alexandru Ghica, Marele Ban Mihalache Ghica, care a donat colectii importante, incluzand monede grecesti, romane si bizantine, colectii de minerale, fosile, moluste, pesti, pasari si mamifere, precum si opere de arta. Desi fusese conceput ca un cabinet de istorie naturala, muzeul a capatat un caracter de institutie mixta, adapostind antichitati, tablouri vechi si curiozitati naturale.

Primul director al sectiei de zoologie si mineralogie a fost Carol Wallenstein (1837-1859). In timpul sau muzeul a avut un caracter preponderent didactic. Carlo Ferrerati (1860-1867) care i-a urmat la conducerea muzeului a contribuit substantial la Imbogatirea colectiilor, atat prin achizitii, cat si prin obtinerea de donatii din tara si strainatate

Cele mai importante donatii au fost primite de la dr. Hilarie Mitrea, In perioada In care era director profesorul Gregoriu stefanescu (1867-1893). Acestuia din urma i se datoreaza si descoperirea celei mai importante piese din colectiile muzeului, scheletul de Deinotherium gigantissimum.

Pe parcursul timpului, muzeul a fost gazduit In diferite cladiri din Bucuresti. Sediul actual a fost proiectat si construit prin stradania Dr. Grigore Antipa, director In perioada 1893 – 1944. Muzeul realizat de marele savant era modern atat prin modul de expunere, cat si prin rolul si activitatea sa. De asemenea, prin eforturi sustinute Grigore Antipa a Imbogatit substantial colectiile institutiei cu piese valoroase din toate colturile lumii. Tot lui Grigore Antipa i se datoreaza si realizarea In Bucuresti a primelor diorame biogeografice, model extins apoi la marile muzee ale lumii.

In perioada postbelica muzeul a continuat sa se dezvolte, iar activitatea de cercetare stiintifica a luat amploare, Incepand cu perioada In care la conducerea sa a fost Acad. dr. Mihai Bacescu (1964-1988). De remarcat sunt expeditiile internationale la care au participat specialistii muzeului: Tanzania (1973), Indonezia (1991) si Brazilia (1994).

 

Dupa numirea ca director al Muzeului a Dr. Dumitru Murariu (1988), pe langa cercetarea stiintifica, s-a avut In vedere modernizarea evidentei patrimoniului, ca si diversificarea activitatilor cu publicul. Numarul expozitiilor temporare organizate anual este In crestere, ca si numarul vizitatorilor de toate varstele si categoriile, care vin la Muzeu individual, cu familia sau prietenii. In ultimii ani s-au Inmultit si programele educationale de amploare, fapt ce contribuie la afirmarea si recunoasterea muzeului ca una dintre cele mai importante institutii de stiinta, educatie, cultura, dar si de divertisment din tara. In anul 2009 expozitia publica se Inchide pentru a se demara un ambitios proiect de modernizare.